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对脑脊液等中枢神经感染临床样本的测序数据进行分析计算，精准分析出样本中已知的中枢神经感染病原微生物物种，获得与之对应的参考序列比对结果，从而鉴定样本中存在的中枢神经感染病原微生物物种，用于临床辅助诊断，显著提高医生的工作效率。对中枢神经感染临床样本中的获得的测序原始数据进行接头、低质量序列、短读长序列、N碱基含量过高等的序列过滤，获得数据进一步以人源基因库为参考基因组过滤掉人源基因及重复序列，通过程序软件建立高质量中枢神经感染病原微生物基因组数据库，将序列与数据库进行比对，获得序列最接近匹配的物种信息以及序列在该物种基因组上的覆盖度等信息，从而实现对脑脊液等中枢神经样本中的物种序列物种鉴定及统计。