有没有相关的论文或文献参考？
这个数据集是基于什么背景创建的？
数据集的作者是谁？
能帮我联系到这个数据集的作者吗？
这个数据集如何下载？
Patho-Bench|病理学图像分析数据集|临床任务预测数据集
收藏huggingface2025-02-14 更新2025-02-15 收录
下载链接：
https://huggingface.co/datasets/MahmoodLab/Patho-Bench
下载链接
链接失效反馈资源简介：
Patho-Bench是一个用于评估全切片图像(WSIs)的补丁和幻灯片编码基础模型的数据集，包含了形态学亚型分类、肿瘤分级、分子亚型预测、突变预测、治疗响应与评估、生存预测等任务家族及其具体任务。
创建时间：
2025-02-11
AI搜集汇总
数据集介绍
构建方式
Patho-Bench数据集的构建旨在评估针对全切片图像(WSIs)的补丁和幻灯片编码基础模型。该数据集由 Mahmood 实验室在哈佛医学院和布里格姆妇女医院开发，并包含来自多个公共图像数据集和存储库的任务。数据集的构建遵循严格的分类和标注流程，确保了数据的质量和一致性。
使用方法
使用Patho-Bench数据集时，用户需要先进行身份验证，然后通过HuggingFace Hub提供的接口下载所需的数据集。数据集提供了YAML文件以存储任务元数据，以及TSV文件以存储样本ID、幻灯片ID和标签。用户可以根据自己的需求，下载单个任务或整个数据集，但需要注意，Patho-Bench仅提供数据分割和标签，原始图像数据需从相应的数据集仓库中下载。
背景与挑战
背景概述
Patho-Bench数据集，由哈佛医学院和布里格姆与妇女医院的Mahmood Lab团队开发，旨在评估用于全切片图像(WSIs)的补丁和幻灯片编码基础模型。该数据集的构建得到了NIH NIGMS R35GM138216的支持。Patho-Bench包含多个任务家族，涵盖形态学亚型分类、肿瘤分级、分子亚型预测、突变预测、治疗反应评估和生存预测等多个领域，为病理学领域的人工智能研究提供了丰富的资源。Patho-Bench的发布对于推动病理学图像分析领域的发展具有重要意义，为相关研究提供了标准化和高质量的基准数据集。
当前挑战
Patho-Bench数据集在构建过程中面临的挑战主要包括：1) 数据集的多样性和高质量要求，确保涵盖不同疾病亚型的形态学模式；2) 整合多个来源的数据集，保持数据的一致性和标准化；3) 对于商业实体的使用限制，确保数据集仅用于非商业的学术研究。在研究领域中，Patho-Bench面临的挑战包括：1) 提高模型在复杂病理图像上的泛化能力；2) 优化模型以处理大规模的全切片图像；3) 确保模型在临床实践中的有效性和可靠性。
常用场景
经典使用场景
Patho-Bench数据集被设计用于评估全切片图像(WSIs)的补丁和幻灯片编码基础模型。其经典使用场景在于，研究者可以利用该数据集对病理学图像进行深度学习模型的训练和验证，从而实现对病理切片的自动分析和解读，提高病理诊断的准确性和效率。
解决学术问题
该数据集解决了病理学研究中，对于大规模、高质量病理图像数据的迫切需求。通过提供多种任务类型，如形态学亚型分类、肿瘤分级、分子亚型预测等，Patho-Bench极大地推动了相关学术问题的研究，包括但不限于肿瘤的基因突变预测、治疗响应评估以及生存预后预测等，为学术研究提供了可靠的数据基础。
实际应用
在实际应用中，Patho-Bench数据集可以被应用于临床病理诊断辅助系统，帮助医生更快速、准确地识别疾病类型和阶段，优化治疗方案。此外，它还可以用于制药行业的新药研发过程中，通过对药物反应的预测来指导药物设计。
数据集最近研究
最新研究方向
Patho-Bench数据集是专为评估全切片图像(WSIs)的补丁和幻灯片编码基础模型而设计的。近期研究方向主要集中在利用深度学习技术对病理学图像进行精确的形态学亚型分类、肿瘤分级、分子亚型预测、突变预测、治疗响应评估以及生存预测等任务。这些研究不仅有助于提高病理学诊断的准确性和效率，而且对于个性化医疗和精准治疗策略的制定具有重要的现实意义。Patho-Bench的发布，为相关领域的研究者提供了一个统一的基准，推动了病理学人工智能模型的研究与应用。
以上内容由AI搜集并总结生成
数据主题
5,000+
优质数据集
54 个
任务类型
进入经典数据集
热门数据集
LFW
人脸数据集;LFW数据集共有13233张人脸图像，每张图像均给出对应的人名，共有5749人，且绝大部分人仅有一张图片。每张图片的尺寸为250X250，绝大部分为彩色图像，但也存在少许黑白人脸图片。 URL: http://vis-www.cs.umass.edu/lfw/index.html#download
AI_Studio 收录
中国区域交通网络数据集
该数据集包含中国各区域的交通网络信息，包括道路、铁路、航空和水路等多种交通方式的网络结构和连接关系。数据集详细记录了各交通节点的位置、交通线路的类型、长度、容量以及相关的交通流量信息。
data.stats.gov.cn 收录
中国1km分辨率逐月降水量数据集（1901-2023）
该数据集为中国逐月降水量数据，空间分辨率为0.0083333°（约1km），时间为1901.1-2023.12。数据格式为NETCDF，即.nc格式。该数据集是根据CRU发布的全球0.5°气候数据集以及WorldClim发布的全球高分辨率气候数据集，通过Delta空间降尺度方案在中国降尺度生成的。并且，使用496个独立气象观测点数据进行验证，验证结果可信。本数据集包含的地理空间范围是全国主要陆地（包含港澳台地区），不含南海岛礁等区域。为了便于存储，数据均为int16型存于nc文件中，降水单位为0.1mm。 nc数据可使用ArcMAP软件打开制图; 并可用Matlab软件进行提取处理，Matlab发布了读入与存储nc文件的函数，读取函数为ncread，切换到nc文件存储文件夹，语句表达为：ncread (‘XXX.nc’,‘var’, [i j t],[leni lenj lent])，其中XXX.nc为文件名，为字符串需要’’；var是从XXX.nc中读取的变量名，为字符串需要’’；i、j、t分别为读取数据的起始行、列、时间，leni、lenj、lent i分别为在行、列、时间维度上读取的长度。这样，研究区内任何地区、任何时间段均可用此函数读取。Matlab的help里面有很多关于nc数据的命令，可查看。数据坐标系统建议使用WGS84。
国家青藏高原科学数据中心 收录
长江干流实时水位观测数据集（2024年）
该数据集为长江干流主要水文站实时水位观测数据集，包含了汉口、户口、九江、宜昌等16个水文站点的逐小时或逐日水位观测数据。 该数据集包含3个excel表格文件，长江干流站点.xls，逐日水位.xlsx，逐小时水位.xlsx。
国家地球系统科学数据中心 收录
中国近海台风路径集合数据集(1945-2023)
1945-2023年度，中国近海台风路径数据集，包含每个台风的真实路径信息、台风强度、气压、中心风速、移动速度、移动方向。注：时间为北京时间。
国家海洋科学数据中心 收录