Gene coexpression data in ALCOdb
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Coexpression data provided in ALCOdb. Details of the data can be found on the download page in ALCOdb. http://alcodb.jp/coexpression/download Coexpression data Cre.v15-08.G15519-S172.quantile.mrgeo.d.zip Cre.v15-02.G15540-S180.qnorm.mrgeo.d.zip Cre.v13-10.G18773-S137.qnorm.mrgeo.d.zip Cme1.v14-06.G4586-S75.d.zip Cme2.v14-06.G6506-S48.d.zip Gene expression table to calculate the coexpression data Cre-R1-15-08_GeneExpressionTable.tsv.gz Cme1_GeneExpressionTable.tsv.zip Cme2_GeneExpressionTable.tsv.zip Codon usage similarity for evaluation Cre_v55.CodonUsage.G17741.zip Data Format Gene coexpression data folder contains a number of files, and file names correspond to the query gene IDs. Each file includes the coexpressed gene list as in the following format (Example about Cre01g001400 in cre.v15-08.G15519-S172.quantile.mrgeo.d). File Name: Cre01g001400 Line1: Cre03g197300 1.00 0.8352 Line2: Cre13g605200 6.63 0.6938 Line3: Cre09g411751 7.35 0.7082 Line4: Cre15g638551 9.38 0.7128 Line5: Cre01g037600 10.25 0.6761 Columns are tab-deliminated. Lines are sorted by column2. Column1: ID of coexpressed gene. Column2: Matual Rank (MR). [smaller MR indicates stronger coexpression] Column3: Pearson's Correlation Coefficient (PCC). [larger PCC indicates stronger coexpression]
ALCOdb 中提供的共表达数据，其详细说明可前往 ALCOdb 的下载页面查阅，页面地址为 http://alcodb.jp/coexpression/download。 本次提供的共表达数据文件包括：Cre.v15-08.G15519-S172.quantile.mrgeo.d.zip、Cre.v15-02.G15540-S180.qnorm.mrgeo.d.zip、Cre.v13-10.G18773-S137.qnorm.mrgeo.d.zip、Cme1.v14-06.G4586-S75.d.zip、Cme2.v14-06.G6506-S48.d.zip。 用于生成该共表达数据的基因表达表包括：Cre-R1-15-08_GeneExpressionTable.tsv.gz、Cme1_GeneExpressionTable.tsv.zip、Cme2_GeneExpressionTable.tsv.zip。 用于评估分析的密码子使用相似度数据集为：Cre_v55.CodonUsage.G17741.zip。 数据格式说明如下： 基因共表达数据文件夹包含多个文件，文件名与查询基因ID一一对应。各文件内存储共表达基因列表，格式示例如下（以 cre.v15-08.G15519-S172.quantile.mrgeo.d 文件中的 Cre01g001400 为例）： 文件名：Cre01g001400 第1行：Cre03g197300 1.00 0.8352 第2行：Cre13g605200 6.63 0.6938 第3行：Cre09g411751 7.35 0.7082 第4行：Cre15g638551 9.38 0.7128 第5行：Cre01g037600 10.25 0.6761 所有列以制表符分隔，各行均按第2列的值升序排序。各列含义如下： 第1列：共表达基因的ID； 第2列：互作排名（Mutual Rank, MR），MR值越小代表共表达强度越高； 第3列：皮尔逊相关系数（Pearson's Correlation Coefficient, PCC），PCC值越大代表共表达强度越高。
