Surface swabs outperform most traditional honeybee (Apis mellifera) hive samples for recovery of eDNA and eRNA

Raw data files, analysis scripts and input files to generate data presented in the manuscript\nLineage: DNA and RNA was collected from honeybee hives to compare taxonomic composition derived from different sample types (hive entrance swabs (DNA/RNA), hive debris swabs (DNA), honey (DNA/RNA), internal pollen (DNA/RNA), pollen traps (DNA), top box bees (DNA/RNA), and return forager bees (DNA)), using a DNA metabarcoding and RNA metatranscriptomic approach.\nDNA samples were amplified and sequenced on an Illumina MiSeq v3 600 cycle run. Metabarcoding primers used were:\nBacteria (16S):\n515-FY GTGYCAGCMGCCGCGGTAA\n806R GGACTACNVGGGTWTCTAAT\nAnimal (COI):\nFwhF2 GGDACWGGWTGAACWGTWTAYCCHCC\nFwhR2n GTRATWGCHCCDGCTARWACWGG\nAmel_PNA (honeybee blocking primer) CATTCTTCACCTTCAGTAGA\nFungi (ITS1):\nITS1f CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA\nITS2r GCTGCGTTCTTCATCGATGC\nPlant (ITS2):\nS2F ATGCGATACTTGGTGTGAAT\n4rev TCCTCCGCTTATTGATATGC\nRNA samples were sequenced using a NextSeq 2000 P2 2 x 150 bp run.本手稿中展示的实验数据所对应的原始数据文件、分析脚本及数据生成所需的输入文件。 样本采集背景：研究人员从蜂箱中采集DNA与RNA样本，旨在对比不同样本类型的分类组成，所用样本类型包括蜂箱入口拭子（DNA/RNA）、蜂箱碎屑拭子（DNA）、蜂蜜（DNA/RNA）、箱内花粉（DNA/RNA）、花粉截留器样本（DNA）、继箱蜜蜂（DNA/RNA）以及归巢采集蜂（DNA）；实验采用DNA宏条形码（DNA metabarcoding）与RNA宏转录组学（RNA metatranscriptomic）技术手段。 DNA样本通过Illumina MiSeq v3 600循环测序平台完成扩增与测序。所用宏条形码扩增引物如下： 1. 细菌（16S rRNA基因）： 515-FY：GTGYCAGCMGCCGCGGTAA 806R：GGACTACNVGGGTWTCTAAT 2. 动物（COI基因）： FwhF2：GGDACWGGWTGAACWGTWTAYCCHCC FwhR2n：GTRATWGCHCCDGCTARWACWGG Amel_PNA（蜜蜂封闭引物）：CATTCTTCACCTTCAGTAGA 3. 真菌（ITS1区域）： ITS1f：CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA ITS2r：GCTGCGTTCTTCATCGATGC 4. 植物（ITS2区域）： S2F：ATGCGATACTTGGTGTGAAT 4rev：TCCTCCGCTTATTGATATGC RNA样本采用NextSeq 2000 P2 2×150 bp测序平台完成测序。