CIMMYT bread wheat breeding lines

A total of 74,403 bread wheat breeding lines from the year 2013-2020 developed by the International Maize and Wheat Improvement Center (CIMMYT) was genotyped. We used genotyping-by-sequencing (GBS) to construct 433 GBS libraries which were sequenced in the Illumina platform to generate 440 FASTQ files. The key file consists of metadata such as sample name, flowcell, lane number, and barcode used for multiplexing samples. The FASTQ file of corresponding samples can be identified based on the library. The raw reads are available at National Center for Biotechnology Information (NCBI) with BioProject accession PRJNA498085.

本研究对国际玉米小麦改良中心（International Maize and Wheat Improvement Center, CIMMYT）2013至2020年间培育的74403份面包小麦育种品系完成了基因分型。本研究采用基因分型测序（genotyping-by-sequencing, GBS）技术构建了433个GBS文库，随后在Illumina测序平台进行测序，共生成440个FASTQ格式文件。核心元数据文件包含样本名称、流动池（flowcell）、泳道编号以及用于样本多重测序的条形码等信息。可通过文库信息匹配得到对应样本的FASTQ格式文件。原始测序读段数据已上传至美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information, NCBI），对应的BioProject登录号为PRJNA498085。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集包含2013年至2023年间由国际玉米和小麦改良中心（CIMMYT）开发的130,247个面包小麦育种系的基因分型数据，使用基因分型测序（GBS）和Illumina平台生成。数据集提供了完整的FASTQ文件、元数据、处理脚本以及VCF和hapmat格式的基因型数据，旨在支持小麦育种和基因组优化研究。