Full output GWAS female

We infected female flies from 94 of the DGRP lines with 104 plaque-forming units (PFU) WNV-Kun by intrathoracic injection and determined their mortality rates as compared to flies treated with buffer only (mock infection). We monitored survival daily for 30 days and calculated the hazard ratio as a metric of survival. We then used the log of the hazard ratio as the quantitative phenotype for the GWAS, as described (Chow et al., 2013). Column definitions are as follows: chr – chromosome numbers rs – SNP IDs ps – basepair positions on the chromosome n_miss – number of missing individuals for a given SNP allele1 – minor allele allele0 – major allele af – allele frequency beta – beta estimates se – standard errors for beta l_remle – restricted maximum likelihood estimates for lambda l_mle – maximum likelihood estimates for lambda p_wald – p values from Wald test p_lrt – p values from likelihood-ratio test p_score – p values from Score test

我们通过胸内注射法，将104噬斑形成单位（plaque-forming units, PFU）的西尼罗病毒昆株（WNV-Kun）感染94个DGRP品系的雌性果蝇，并以仅施加缓冲液的果蝇（模拟感染组）作为对照，测定其死亡率。我们连续30天每日监测果蝇存活情况，并以风险比（hazard ratio）作为存活能力的量化指标。随后如Chow等人2013年所述，我们将风险比的对数用作全基因组关联分析（genome-wide association study, GWAS）的定量表型。
各列定义如下：
chr：染色体编号
rs：单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）标识符
ps：染色体上的碱基对位置
n_miss：对应某一SNP的缺失个体数
allele1：次要等位基因（minor allele）
allele0：主要等位基因（major allele）
af：等位基因频率
beta：β估计值
se：β的标准误（standard errors）
l_remle：λ的受限极大似然估计值（restricted maximum likelihood estimates）
l_mle：λ的极大似然估计值（maximum likelihood estimates）
p_wald：Wald检验所得P值
p_lrt：似然比检验（likelihood-ratio test）所得P值
p_score：Score检验所得P值

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集是一个针对雌性果蝇的全基因组关联研究（GWAS）输出数据，专注于西尼罗病毒感染的生存分析。研究使用94个DGRP品系，通过感染实验计算风险比作为表型，并提供了详细的SNP统计信息，包括染色体位置、等位基因频率和p值等。数据集发布于2019年，文件格式为txt，大小为119 MB，采用CC BY 4.0许可，涉及多个学术机构。