Research data supporting "High-throughput 3D phenotyping of plant shoot apical meristems from tissue-resolution data"

This directory contains all the original data from the publication "High-throughput 3D phenotyping of plant shoot apical meristems from tissue-resolution data". Title: Research data supporting High-throughput 3D phenotyping of plant shoot apical meristems from tissue-resolution data Authors: Henrik Åhl, Yi Zhang, Henrik Jönsson Contact: [e-mail] Date of data collection: 2017-2021 Associated DOI: 10.3389/fpls.2022.827147 Location: Sainsbury Laboratory, University of Cambridge Keywords: pin3, pin4, pin7, pin3pin4, pin3pin7, pin4pin7, pin3pin4pin7, aux1, aux1lax1lax2lax3, abcb1, abcb19, abcb1abcb19, pCLV3:dsRed x pPIN1:PIN1-GFP x myr-YFP, xxt1xxt2, xxt1xxt2xxt5, qua1, bag, cesa3(eli1), cesa6(prc1-1), csi1-3, det3, cesa1(any1), gabi, cu4, cmu1cmu2, cesa3(je5), act2-5, arabidopsis thaliana, shoot apical meristem, confocal, isosurface, phyllotaxis, apex identification, tissue segmentation, plant development, flower development, 3D phenotyping, high-throughput Microscopes: LSM880, LSM700, LSM780 Formats: .csv, .txt, .lsm, .tif This dataset contains 3D image stacks of the following: - Col-0 plant shoots - pin3, pin4, pin7, pin3,4, pin3,7, pin4,7, pin3,4,7 mutant plants - aux1, aux1lax1,2,3 mutant plant shoots - abcb1, abcb19, abcb1,19 mutant plant shoots - pCLV3::dsRed x pPIN1:PIN1-GFP x myr-YFP expressing plant shoots - xxt1xxt2, xxt1xxt2xxt5, qua1*, bag*, cesa3(eli1), cesa6(prc1-1), csi1-3*, det3*, cesa1(any1), gabi*, cu4*, cmu1cmu2*, cesa3(je5), act2-5* mutant plant shoots (*: not used in the analysis) - One pABCB:ABCB19-GFP expressing plant - One Col-0 protoplast - One Col-0 apical hook The dataset also contains the output results from the analysis pipeline presented in the affiliated publication, as well as corresponding file metadata. Code and scripts used for data generation and statistical analysis, including visualisation can be found at https://gitlab.com/slcu/teamHJ/publications/aahl_etal_2022.本数据集目录包含发表于《基于组织分辨率数据的植物茎尖分生组织高通量三维表型分析》的全部原始数据。 标题：支撑《基于组织分辨率数据的植物茎尖分生组织高通量三维表型分析》研究的实验数据集 作者：Henrik Åhl、Yi Zhang、Henrik Jönsson 联系方式：[e-mail] 数据采集周期：2017年-2021年 关联DOI：10.3389/fpls.2022.827147 存放地点：剑桥大学塞恩斯伯里实验室（Sainsbury Laboratory, University of Cambridge） 关键词：pin3、pin4、pin7、pin3pin4、pin3pin7、pin4pin7、pin3pin4pin7、aux1、aux1lax1lax2lax3、abcb1、abcb19、abcb1abcb19、pCLV3:dsRed x pPIN1:PIN1-GFP x myr-YFP、xxt1xxt2、xxt1xxt2xxt5、qua1、bag、cesa3(eli1)、cesa6(prc1-1)、csi1-3、det3、cesa1(any1)、gabi、cu4、cmu1cmu2、cesa3(je5)、act2-5、拟南芥（arabidopsis thaliana）、茎尖分生组织（shoot apical meristem）、共聚焦（confocal）、等值面（isosurface）、叶序（phyllotaxis）、茎尖识别（apex identification）、组织分割（tissue segmentation）、植物发育（plant development）、花发育（flower development）、三维表型（3D phenotyping）、高通量 使用显微镜型号：LSM880、LSM700、LSM780 文件格式：.csv、.txt、.lsm、.tif 本数据集包含以下类型的三维图像栈： - 野生型Col-0植物茎尖组织 - pin3、pin4、pin7单突变体及pin3pin4、pin3pin7、pin4pin7双突变体、pin3pin4pin7三突变体植物茎尖 - aux1单突变体及aux1lax1lax2lax3四突变体植物茎尖 - abcb1、abcb19单突变体及abcb1abcb19双突变体植物茎尖 - 携带pCLV3:dsRed x pPIN1:PIN1-GFP x myr-YFP融合标记的植物茎尖 - xxt1xxt2、xxt1xxt2xxt5、qua1、bag、cesa3(eli1)、cesa6(prc1-1)、csi1-3、det3、cesa1(any1)、gabi、cu4、cmu1cmu2、cesa3(je5)、act2-5突变体植物茎尖（*标注者为本次分析未使用的突变体） - 1株携带pABCB:ABCB19-GFP融合标记的植株 - 1份Col-0原生质体样品 - 1份Col-0顶钩样品 本数据集同时包含附属论文中所提出的分析流程输出结果，以及对应的文件元数据。用于数据生成、统计分析及可视化的代码与脚本可通过以下链接获取：https://gitlab.com/slcu/teamHJ/publications/aahl_etal_2022

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集支持'High-throughput 3D phenotyping of plant shoot apical meristems from tissue-resolution data'研究，包含2017-2021年收集的多种拟南芥突变体和转基因植物的3D图像堆栈，使用LSM系列显微镜采集，格式为.csv、.txt、.lsm、.tif。数据集专注于植物茎尖分生组织的高通量3D表型分析，涵盖广泛突变体类型，并提供分析管道输出结果和元数据，适用于植物发育和表型研究。