Supplementary Table S2: All Expression Quantification Heat Stress-related Data for <i>Oryza sativa </i>(including subspecies japnonica and indica)

Fasterq-dump from the NCBI SRA Toolkit (version 3.0.1), fastp (version 0.23.4), and Salmon (version 1.10.2) were used for FASTQ file retrieval, trimming, and expression quantification, respectively. For expression quantification by Salmon, the japonica sub-species transcript FASTA file, retrieved from Ensembl Plants release 58 (accessed 1 February 2024), was used as a reference transcript. Gene-level expression levels were summarized using the tximport Bioconductor package (release version 3.19) and calculated as scaled Transcripts Per Million (scaled TPM).

本研究分别采用NCBI SRA（Sequence Read Archive，序列读取归档）工具包的fasterq-dump（版本3.0.1）、fastp（版本0.23.4）以及Salmon（版本1.10.2），完成FASTQ文件的检索、序列质控修剪与表达量定量分析。在使用Salmon进行表达量定量分析时，以从Ensembl Plants第58版（2024年2月1日获取）中下载的粳稻亚种转录组FASTA文件作为参考转录本。基因水平的表达量通过tximport Bioconductor包（版本3.19）进行汇总，并以缩放型每百万转录本数（scaled Transcripts Per Million，scaled TPM）进行计算。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集是一个全面的热胁迫相关RNA-seq表达定量数据集，专门针对水稻（包括籼稻和粳稻亚种），提供基因表达水平的scaled TPM值。数据集使用标准化生物信息学流程（如Salmon和tximport）处理，参考Ensembl Plants release 58转录本，适用于基因表达分析和数据挖掘研究。