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ZFIN|斑马鱼数据集|生物信息学数据集
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ZFIN（Zebrafish Information Network）是一个关于斑马鱼（Danio rerio）的生物信息学数据库，提供了关于斑马鱼基因、突变、表达模式、遗传图谱和相关资源的详细信息。该数据库还包括实验协议、文献引用和与其他生物数据库的链接。
提供机构：
zfin.org
AI搜集汇总
数据集介绍
构建方式
ZFIN数据集的构建基于对斑马鱼（Danio rerio）基因和遗传信息的全面收集与整合。该数据集通过系统性地整合来自实验研究、文献报道以及公共数据库的基因注释、突变体信息、表达模式和遗传相互作用数据，形成了一个综合性的斑马鱼遗传资源库。构建过程中，研究人员采用了自动化数据提取和人工验证相结合的方法，确保数据的准确性和完整性。
使用方法
ZFIN数据集的使用方法多样，研究人员可以通过其在线平台进行基因查询、突变体检索和表达模式分析。用户可以根据基因名称、突变体表型或表达谱特征进行精确搜索，获取相关基因的详细信息。此外，ZFIN还提供了数据下载功能，用户可以下载原始数据进行进一步的分析和研究。通过这些功能，ZFIN为斑马鱼研究提供了强有力的数据支持。
背景与挑战
背景概述
ZFIN（Zebrafish Information Network）数据集是一个专注于斑马鱼（Danio rerio）生物学研究的在线资源平台，由美国俄勒冈大学于1994年创建。该数据集汇集了斑马鱼基因、突变、表达模式和相关研究文献的详细信息，为发育生物学、遗传学和生物医学研究提供了宝贵的资源。ZFIN的核心研究问题包括斑马鱼基因的功能注释、突变体的表型分析以及基因表达的时空模式，这些研究对理解人类疾病模型和药物筛选具有重要意义。
当前挑战
尽管ZFIN数据集在斑马鱼研究领域具有广泛的应用，但其构建和维护过程中仍面临诸多挑战。首先，数据的标准化和整合是一个持续的挑战，因为斑马鱼研究涉及多个实验室和研究机构，数据格式和质量参差不齐。其次，随着高通量测序技术的发展，数据量急剧增加，如何高效地存储、检索和分析这些数据成为一个重要问题。此外，确保数据的准确性和及时更新也是一项艰巨的任务，需要持续的投入和严格的质量控制。
发展历史
创建时间与更新
ZFIN（Zebrafish Information Network）数据集创建于1994年，由美国国家人类基因组研究所（NHGRI）资助，旨在整合斑马鱼（Zebrafish）的基因组和遗传信息。该数据集自创建以来，持续进行更新和扩展，以反映斑马鱼研究领域的最新进展。
重要里程碑
ZFIN数据集的重要里程碑包括：1998年，ZFIN发布了首个在线版本，标志着斑马鱼研究信息的系统化整合；2005年，ZFIN与欧洲斑马鱼信息网络（ZDB）合并，进一步增强了数据集的全球影响力；2010年，ZFIN引入了基因组注释工具，极大地提升了数据的可访问性和利用率；2015年，ZFIN推出了交互式基因表达图谱，为研究人员提供了更为直观的数据分析平台。
当前发展情况
当前，ZFIN数据集已成为斑马鱼研究领域的核心资源，涵盖了基因组、遗传学、发育生物学等多个方面的数据。其持续的更新和扩展，不仅为全球科研人员提供了丰富的数据资源，还推动了斑马鱼模型在生物医学研究中的广泛应用。ZFIN的开放获取政策和用户友好的界面设计，进一步促进了数据的共享和合作，对推动生命科学研究的发展具有重要意义。
发展历程
- ZFIN首次发表，作为斑马鱼基因和遗传信息的主要数据库。
- ZFIN正式上线，开始提供斑马鱼基因组和相关研究数据。
- ZFIN引入基因表达数据，增强了数据库的功能性和实用性。
- ZFIN与国际斑马鱼基因组计划（Zebrafish Genome Initiative）合作，进一步丰富了数据内容。
- ZFIN开始整合基因组注释和突变数据，提升了数据的综合性和研究价值。
- ZFIN推出新的用户界面和搜索工具，提高了用户体验和数据检索效率。
- ZFIN继续扩展其数据集，包括基因编辑和疾病模型数据，以支持更广泛的研究应用。
常用场景
经典使用场景
在生物信息学领域，ZFIN（Zebrafish Information Network）数据集被广泛用于研究斑马鱼（Zebrafish）的基因功能和发育过程。斑马鱼因其与人类基因的高度相似性和易于观察的胚胎发育过程，成为基因功能研究的重要模型。ZFIN数据集提供了丰富的基因注释、突变信息和表型数据，使得研究人员能够系统地分析基因在发育中的作用及其与人类疾病的关联。
解决学术问题
ZFIN数据集在解决基因功能和发育生物学中的多个学术问题方面发挥了关键作用。通过整合斑马鱼的基因突变和表型数据，研究人员能够识别与特定表型相关的基因，从而揭示基因在发育过程中的功能。此外，ZFIN数据集还支持跨物种基因功能的比较研究，有助于理解人类基因与斑马鱼基因之间的保守性和差异性，为疾病机制的研究提供了重要线索。
实际应用
在实际应用中，ZFIN数据集被广泛用于药物筛选和毒理学研究。斑马鱼因其快速发育和易于观察的特性，成为评估药物毒性和疗效的理想模型。通过ZFIN数据集，研究人员可以快速筛选出可能影响特定基因功能的化合物，从而加速新药的开发过程。此外，ZFIN数据集还支持环境毒理学的研究，帮助评估化学物质对生物体发育的影响。
数据集最近研究
最新研究方向
在生物信息学领域，ZFIN数据集作为斑马鱼基因和遗传信息的核心资源，近期研究聚焦于其在大规模基因功能注释和疾病模型构建中的应用。随着基因编辑技术的进步，研究人员利用ZFIN数据集中的基因变异信息，探索斑马鱼作为人类疾病模型的潜力，特别是在神经退行性疾病和癌症研究中。此外，ZFIN数据集的整合分析能力也促进了跨物种基因功能比较研究，为理解基因在不同生物体中的保守性和特异性提供了重要依据。这些前沿研究不仅推动了基础生物学的发展，也为精准医学和药物开发提供了新的视角和工具。
相关研究论文
- 1The Zebrafish Information Network: the zebrafish model organism databaseUniversity of Oregon · 2000年
- 2The Zebrafish Information Network: a data resource for genetic and genomic biologyUniversity of Oregon · 2019年
- 3The Zebrafish Information Network: new support for non-coding RNAs and microRNA researchUniversity of Oregon · 2014年
- 4The Zebrafish Information Network: the zebrafish model organism databaseUniversity of Oregon · 2000年
- 5The Zebrafish Information Network: a data resource for genetic and genomic biologyUniversity of Oregon · 2019年
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LFW
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AI_Studio 收录
CE-CSL
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arXiv 收录
中国1km分辨率逐月降水量数据集（1901-2023）
该数据集为中国逐月降水量数据，空间分辨率为0.0083333°（约1km），时间为1901.1-2023.12。数据格式为NETCDF，即.nc格式。该数据集是根据CRU发布的全球0.5°气候数据集以及WorldClim发布的全球高分辨率气候数据集，通过Delta空间降尺度方案在中国降尺度生成的。并且，使用496个独立气象观测点数据进行验证，验证结果可信。本数据集包含的地理空间范围是全国主要陆地（包含港澳台地区），不含南海岛礁等区域。为了便于存储，数据均为int16型存于nc文件中，降水单位为0.1mm。 nc数据可使用ArcMAP软件打开制图; 并可用Matlab软件进行提取处理，Matlab发布了读入与存储nc文件的函数，读取函数为ncread，切换到nc文件存储文件夹，语句表达为：ncread (‘XXX.nc’,‘var’, [i j t],[leni lenj lent])，其中XXX.nc为文件名，为字符串需要’’；var是从XXX.nc中读取的变量名，为字符串需要’’；i、j、t分别为读取数据的起始行、列、时间，leni、lenj、lent i分别为在行、列、时间维度上读取的长度。这样，研究区内任何地区、任何时间段均可用此函数读取。Matlab的help里面有很多关于nc数据的命令，可查看。数据坐标系统建议使用WGS84。
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数据集中的空气质量数据类型包括PM2.5, PM10, SO2, NO2, O3, CO, AQI，包含了2014-2020年全国360个城市的逐日空气质量监测数据。监测数据来自中国环境监测总站的全国城市空气质量实时发布平台，每日更新。数据集的原始文件为CSV的文本记录，通过空间化处理生产出Shape格式的空间数据。数据集包括CSV格式和Shape格式两数数据格式。
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中国食物成分数据库
食物成分数据比较准确而详细地描述农作物、水产类、畜禽肉类等人类赖以生存的基本食物的品质和营养成分含量。它是一个重要的我国公共卫生数据和营养信息资源，是提供人类基本需求和基本社会保障的先决条件；也是一个国家制定相关法规标准、实施有关营养政策、开展食品贸易和进行营养健康教育的基础，兼具学术、经济、社会等多种价值。 本数据集收录了基于2002年食物成分表的1506条食物的31项营养成分（含胆固醇）数据，657条食物的18种氨基酸数据、441条食物的32种脂肪酸数据、130条食物的碘数据、114条食物的大豆异黄酮数据。
国家人口健康科学数据中心 收录