<b>Transcriptomics provides insights into the phylogeny of Liliales and the evolution of the colchicine biosynthesis pathway</b>

The file '1_CDS_PEP.tar.gz' includes CDS and PEP for all the 131 samples used for phylogenetic analyses of Liliales. The full species names for each species was listed in the Supplementary Table S1.<br>'2_131samples_1063orthologsgene.zip' includes sequences for the 1063 orthologs obtained using DISCO, the RAxML tree for each ortholog, and the ASTRAL tree inferred from the 1063 ortholog trees.<br>'3_131taxa_1063concatenatedgenes.zip' includes the RAxML tree inferred from the 1063 concatenated orthologs.<br>'4_Colchicaceae_biogeography.tre' and '4_Colchicaceae_distribution.csv' are files used for biogeographic analyses of Colchicaceae.<br>'5_Liliales_TreePl_config_template.txt' and '5_Colchicaceae_TreePl_config_template.txt', the data matrix used for divergence time estimation of Liliales and Colchicaceae separately.‘6_Supplementary_figures_22_40.pdf’. This pdf includes the phylogenetic trees for the genes involved in the colchicine biosynthesis pathway.<br><br>

文件“1_CDS_PEP.tar.gz”包含用于百合目（Liliales）系统发育分析的全部131份样本的编码序列（CDS，Coding Sequence）与肽序列（PEP，Peptide）。各物种的完整学名详见补充表S1。<br>文件“2_131samples_1063orthologsgene.zip”包含通过DISCO软件获取的1063个直系同源基因序列、每个直系同源基因对应的RAxML系统发育树，以及基于这1063个直系同源基因树推断得到的ASTRAL物种树。<br>文件“3_131taxa_1063concatenatedgenes.zip”包含基于1063个串联直系同源基因序列推断得到的RAxML系统发育树。<br>文件“4_Colchicaceae_biogeography.tre”与“4_Colchicaceae_distribution.csv”为秋水仙科（Colchicaceae）生物地理学分析所用的相关文件。<br>文件“5_Liliales_TreePL_config_template.txt”和“5_Colchicaceae_TreePL_config_template.txt”为分别用于百合目与秋水仙科分化时间估算的数据矩阵文件。<br>文件“6_Supplementary_figures_22_40.pdf”包含参与秋水仙碱生物合成通路的基因所对应的系统发育树。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集基于转录组学数据，聚焦于百合目（Liliales）的系统发育研究和秋水仙碱生物合成途径的进化分析，包含131个样本的CDS和PEP序列、1063个正交基因数据、系统发育树文件以及生物地理学分析资料。数据集支持从分子序列到进化时间估计的多层次研究，适用于系统发育学、比较基因组学和植物次生代谢途径进化等领域的分析。