Publication Data from Koch et al 2017

Contains the dataset and the MATLAB toolbox used for Koch et al. (2017) "Atlas registration for edema corrected MRI lesion volume in mouse stroke models" data_koch_et_al_jcbfm_2017.zip T2 weighted MRI data in NIFTI format from stroke mice 24 h post surgery. Contains raw data (images before registration, manually delineated hemisphere and lesion masks) and processed data (automatically generated brain mask and an additional version of raw images in registration to the Allen mouse brain atlas). Also contains a copy of some datasets for which slices in the image stack were removed. Includes an excel file describing the group assignment of each mouse (middle cerebral artery occlusion, photothrombosis or sham, full number of slices or partial number of slices) and describing files for each mouse. Histological data (TTC stainings) and corresponding regions of interest in ImageJ format are stored in a separate folder. Toolbox available at GITHUB (!!note new address compared to original JCBFM publication!!) https://github.com/ChariteExpMri/antx2 When downloading the toolbox at GITHUB please respect legal issues and carefully read the provided README file.

本数据集包含Koch等（2017）发表的《脑水肿校正的小鼠脑卒中模型MRI病灶体积图谱配准》（Atlas registration for edema corrected MRI lesion volume in mouse stroke models）一文所使用的数据集及MATLAB工具箱，对应归档文件为data_koch_et_al_jcbfm_2017.zip。数据集包含术后24小时的脑卒中小鼠的T2加权磁共振成像（MRI）数据，格式为NIFTI。其中涵盖原始数据（配准前的图像、手动勾画的大脑半球及病灶掩码）与处理后数据（自动生成的大脑掩码，以及配准至艾伦小鼠脑图谱（Allen mouse brain atlas）的原始图像附加版本）。同时包含部分图像序列切片已被移除的数据集副本。内含一份Excel文件，用于说明每只小鼠的分组情况（大脑中动脉闭塞、光化学栓塞或假手术，以及完整切片或部分切片），并附带每只小鼠的描述文件。组织学数据（TTC染色图像）及对应的ImageJ格式感兴趣区域文件存储于单独文件夹中。本工具箱可在GitHub获取（注：与原JCBFM论文中的地址相比，本地址已更新）：https://github.com/ChariteExpMri/antx2。从GitHub下载工具箱时，请遵守相关法律条款，并仔细阅读附带的README文件。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集包含小鼠中风模型24小时后的T2加权MRI数据，以NIFTI格式提供，涵盖原始图像、手动描绘的半球和病变掩膜、自动生成的脑部掩膜，以及配准到Allen小鼠脑图谱的图像。数据集还包括组别分配信息和组织学数据，并附有用于图谱配准的MATLAB工具箱，主要用于水肿校正的MRI病变体积分析研究。