GWAS Results, DCA

Results from GWAS of eigenvectors (DCAs) 1-4, after DCA of the bacterial and (separately) the fungal community. This tarball includes 'reports' (e.g. the top SNPs after GWAS), image files (manhattan plots), and the top GO-terms enriched in these GWAS results. The Methods section of the manuscript describes the procedure. Please note that 'decorana' (vegan's function, which was used for DCA) only returns 4 axes. Please note that files labeled '16S' correspond to the bacterial community, while files labeled 'ITS' correspond to the fungal community.

本数据集为针对细菌群落与真菌群落分别完成去趋势对应分析（Detrended Correspondence Analysis，简称DCA）后，对所得前4个特征向量（DCAs）开展全基因组关联分析（Genome-Wide Association Study，简称GWAS）的结果。本压缩包包含名为'reports'的报告目录（例如内含GWAS分析筛选得到的顶级单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，简称SNP）相关文件）、图像文件（曼哈顿图（Manhattan Plot）），以及本次GWAS分析结果中富集得到的顶级基因本体（Gene Ontology，简称GO）术语。本手稿的方法部分详细阐述了该分析的完整流程。请注意，用于执行DCA的R语言vegan包decorana函数仅可返回4个排序轴。请注意，标记为'16S'的文件对应细菌群落数据集，标记为'ITS'的文件对应真菌群落数据集。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集是拟南芥叶片微生物群落全基因组关联研究（GWAS）的一部分，专门针对去趋势对应分析（DCA）的结果。它包含对细菌和真菌群落进行DCA后得到的特征向量的GWAS数据，用于探索宿主遗传变异（如防御和细胞壁完整性相关基因位点）如何影响微生物群落结构，文件区分了细菌（16S）和真菌（ITS）群落的分析结果。