GlycoProtDB

GlycoProtDB is a glycoprotein database providing information of Asn (N)-glycosylated proteins and their glycosylated site(s), which were constructed by employing a bottom-up strategy using actual glycopeptide sequences identified by LC/MS-based glycoproteomic technologies. The database is searchable using gene ID, gene name, and its description (protein name) as query. Each data sheet of glycproteins is based on a single amino acid sequence in Wormpep database for C.elegans and NCBI Refseq database for mouse. The sheet presents actually detected N-glycosylation site(s) which are displayed each capturing methods of glycopeptide subset, e.g., lectins Concanavalin A, wheat germ agglutinin (WGA), or HILIC (hydrophilic interaction chromatography), as well as potential N-glycosylation sites (NX[STC], X≠P). Protein sequences, which have common glycopeptide sequence(s), are linked each other.GlycoProtDB是一款专业化糖蛋白数据库，旨在收录天冬酰胺（Asn，N）连接糖基化蛋白及其糖基化位点的相关信息。该数据库采用自下而上（bottom-up）策略构建，数据全部来源于基于液相色谱-质谱（LC/MS）的糖蛋白质组学技术所鉴定得到的真实糖肽序列。该数据库支持以基因ID、基因名称及蛋白注释信息（即蛋白名称）作为查询条件进行检索。针对秀丽隐杆线虫（C.elegans），其糖蛋白的数据表均基于Wormpep数据库中的单条参考氨基酸序列；针对小鼠，则基于NCBI RefSeq参考序列数据库的单条氨基酸序列。每张数据表会展示实际检测到的N-糖基化位点，这些位点会根据糖肽子集的不同捕获方法进行分类呈现，例如伴刀豆球蛋白A（Concanavalin A）、小麦胚芽凝集素（wheat germ agglutinin, WGA）以及亲水相互作用色谱（hydrophilic interaction chromatography, HILIC）；同时还会列出潜在的N-糖基化位点（NX[STC]，其中X≠脯氨酸（P））。拥有共同糖肽序列的蛋白序列之间将建立相互关联链接。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

GlycoProtDB是一个糖蛋白数据库，提供线虫、小鼠和人类等模式生物中天冬酰胺（N）糖基化蛋白质及其糖基化位点的信息。该数据库采用自下而上的策略构建，基于LC/MS糖蛋白组学技术识别的实际糖肽序列，并支持通过基因ID、名称或蛋白质描述进行查询。每个糖蛋白数据表展示实际检测到的N-糖基化位点（包括不同捕获方法）以及潜在位点，同时关联具有共同糖肽序列的蛋白质。