DYNAMITE: DYNamic phAse-contrast MIcro-Tomography of the human middle Ear

These are datasets of dynamic microtomography conducted at the TOMCAT beamline (SLS, PSI).
The samples were fresh-frozen human ear, acoustically stimulated, so vibrating.
The table below give the correspondence between datasets (number and block) and sample name + acoustic stimulation parameter (intensity = sound pressure level in decibels and frequency in hertz).
The h5 file is the set of projections for the different tomography angles, taken during stimulation of the sample.
The waveform.dat file can be used to perform the retrospective gating and sort the projection back according to their acquisition time (corresponding to a specific phase of vibration).

Table of datasets
Dataset Sample Block Intensity Frequency
82 Fresh1 na 125 127
83 Fresh1 na 125 127
84 Fresh1 na 125 127
88 Fresh1 na 140 127
89 Fresh1 na 140 127
90 Fresh1 na 140 127
09 Fresh3 _000 120 128
09 Fresh3 _001 120 128
09 Fresh3 _002 120 128
09 Fresh3 _003 120 128
10 Fresh3 _000 110 128
10 Fresh3 _001 110 128
10 Fresh3 _002 110 128
10 Fresh3 _003 110 128
89 Fresh7 _001 110 128
90 Fresh7 _001 120 128
112 Fresh8 _001 110 128
113 Fresh8 _001 120 128
03 B-Fresh1 _002 110 128
04 B-Fresh1 _002 120 128
144 B-Fresh2 _000 110 128
144 B-Fresh2 _001 110 128
145 B-Fresh2 _000 120 128
145 B-Fresh2 _001 120 128
62 B-Fresh3 _000 110 128
62 B-Fresh3 _001 110 128
63 B-Fresh3 _000 120 128
63 B-Fresh3 _001 120 128

本数据集为在TOMCAT光束线（瑞士光源SLS，保罗谢尔研究所PSI）开展的动态显微断层扫描数据集。
实验样本为经新鲜冷冻处理的人类耳部组织，且在声学刺激下处于振动状态。
下表展示了数据集（编号与区块）与样本名称、声学刺激参数（强度为以分贝计的声压级，频率为以赫兹计的振动频率）之间的对应关系。
h5格式文件包含样本受刺激过程中采集的、对应不同断层扫描角度的投影数据集。
waveform.dat文件可用于开展回顾性门控处理，并根据采集时间（对应振动的特定相位）对投影数据进行重排序。

数据集对应表
数据集编号 样本名称 区块 刺激强度 刺激频率
82 Fresh1 无 125 127
83 Fresh1 无 125 127
84 Fresh1 无 125 127
88 Fresh1 无 140 127
89 Fresh1 无 140 127
90 Fresh1 无 140 127
09 Fresh3 _000 120 128
09 Fresh3 _001 120 128
09 Fresh3 _002 120 128
09 Fresh3 _003 120 128
10 Fresh3 _000 110 128
10 Fresh3 _001 110 128
10 Fresh3 _002 110 128
10 Fresh3 _003 110 128
89 Fresh7 _001 110 128
90 Fresh7 _001 120 128
112 Fresh8 _001 110 128
113 Fresh8 _001 120 128
03 B-Fresh1 _002 110 128
04 B-Fresh1 _002 120 128
144 B-Fresh2 _000 110 128
144 B-Fresh2 _001 110 128
145 B-Fresh2 _000 120 128
145 B-Fresh2 _001 120 128
62 B-Fresh3 _000 110 128
62 B-Fresh3 _001 110 128
63 B-Fresh3 _000 120 128
63 B-Fresh3 _001 120 128

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集名为“DYNAMITE”，是一个专注于人类中耳生物力学研究的动态相位对比显微断层扫描数据集，发布于2023年，由PSI机构提供。数据集包含7 TB的原始数据，通过声学刺激新鲜冷冻人类中耳样本（如不同声强和频率），利用TOMCAT光束线进行动态显微断层扫描，旨在克服中耳研究的技术挑战，以分析声音传输机制。数据包括h5投影文件和waveform.dat文件，支持回顾性门控处理，用于深入探索中耳在生理范围内的振动行为。