JGI Secondary Metabolism Collaboratory

The Secondary Metabolism Collaboratory (SMC) is a public, searchable repository of biosynthetic gene cluster (BGC) sequence data across bacteria, archaea, and other organisms. It catalogs millions of predicted BGCs from publicly available genomes and allows users to explore gene and domain annotations, search by taxonomy or compound type, and programmatically access the data via APIs.

次级代谢协作资源库（Secondary Metabolism Collaboratory，SMC）是一个覆盖细菌、古菌及其他生物的生物合成基因簇（biosynthetic gene cluster，BGC）序列数据的公开可检索资源库。该库收录了来自公开可用基因组的数百万个预测生物合成基因簇，支持用户探索基因与结构域注释信息、按分类学或化合物类型进行检索，同时允许用户通过应用程序编程接口（API）以编程方式获取库内数据。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

JGI次级代谢产物协作库（SMC）是一个公开可搜索的存储库，收录了来自超过130万个基因组的数百万个预测生物合成基因簇（BGC）序列数据，涵盖细菌、古菌等多种生物。它支持用户通过分类、化合物类型等多种方式进行探索，并提供API以程序化访问数据。