Neuron Morphology data in .swc format from Patch-seq experiments in mouse cortex, Cell ID 668337999

Mouse cortical neurons display diverse morphology, physiology and gene expression profiles. We use a method called Patch-seq, where these three data modalities are assayed simultaneously from the same neuron, to understand how the genetic profile of mouse cortical neuron types corresponds to their morphological and electrophysiological phenotypes. This collection may contain image stacks (TIFF), reconstruction files in image space (.swc, µm), a transformed file (.swc, µm) oriented so that the y axis extends vertically towards the pia surface, and a marker file (.marker, µm) indicating nodes where dendrites were truncated (10), reconstruction was not continued (20), or surface of tissue was closest to soma (30).

小鼠皮层神经元具有多样的形态学、生理学及基因表达特征。本研究采用名为Patch-seq的实验方法，可从同一神经元中同时获取上述三类数据模态，以此探究小鼠皮层神经元类型的基因表达特征与其形态学、电生理学表型之间的对应关系。本数据集集合包含以下类型文件：图像栈（TIFF格式）、图像空间重建文件（.swc格式，单位：微米）、经坐标转换的重建文件（.swc格式，单位：微米，其y轴垂直向上指向软脑膜表面），以及标记文件（.marker格式，单位：微米），该标记文件用于标注三类节点：树突被截断处（标记值10）、重建过程未继续处（标记值20），以及距胞体最近的组织表面处（标记值30）。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集包含来自小鼠皮层Patch-seq实验的神经元形态数据，以.swc格式提供，细胞ID为668337999。Patch-seq方法同时采集形态学、生理学和基因表达数据，旨在研究神经元遗传特征与形态及电生理表型之间的关联。数据集可能包括图像堆栈、重建文件和标记文件，支持高分辨率分析神经元结构，并标注了树突截断等关键节点。