A three-dimensional, population-based average of the C57BL/6 mouse brain from DAPI-stained coronal slices

The full data set and pipeline for constructing the three-dimensional, population-based average of the C57BL/6 mouse brain form DAPI-stained coronal slices. This repository also contains a python implementation of automatic coronal brain slice segmentation. The data set constitutes of all the raw slice images (.tif) in full resolution, the pre-processed version (.nii), the individually reconstructed brain volumes, and the final population-based average.

本数据集及配套构建流程，用于基于4',6-二脒基-2-苯基吲哚(DAPI)染色的冠状切片，构建C57BL/6小鼠大脑的三维群体平均图谱。本代码仓库同时包含自动冠状脑切片分割的Python实现。该数据集涵盖全分辨率原始切片图像（.tif格式）、预处理版本（.nii格式）、独立重建的脑体积数据，以及最终的群体平均脑图谱。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集提供了一个基于DAPI染色冠状切片构建的C57BL/6小鼠大脑三维群体平均模板，包含原始图像、预处理数据、个体重建脑体积和最终平均结果，并附带自动分割的Python实现。它发布于2020年，使用CC0许可证，旨在支持神经科学领域的小鼠脑研究，特别是脑模板构建和图像分析应用。