Molecular Dynamics of CL11 and CL11-E complexes with 58rRNA

PDB files with added hydrogens, counterions and waters. *Hmass.top and *2us.netcdf are AMBER PARM7 and NETCDF files, respectively, for the imaged trajectories. *20WAT* and *4MG* files select 20 closest waters and 4 closest Mg2+ to residues 5,14,28,46,60,67 in case of CL11 and 10,21,22,24,49,51,61,63,64,67 in case of CL11-E. DX files are volumetric occupancies by VOLMAP.添加了氢原子、抗衡离子与水分子的PDB（Protein Data Bank）文件。*Hmass.top与*2us.netcdf分别为适配镜像化轨迹的AMBER PARM7格式文件与NETCDF文件。*20WAT*与*4MG*文件可选取与指定残基距离最近的水分子与镁离子：对于CL11体系，选取与残基5、14、28、46、60、67距离最近的20个水分子与4个Mg²+；对于CL11-E体系，选取与残基10、21、22、24、49、51、61、63、64、67距离最近的对应组分。DX文件为VOLMAP软件计算得到的体积占有率文件。